Организационная структура Центра обеспечивает уверенность обучающихся в соответствии уровня обучения требованиям, предъявляемым к данного вида учебным программам.

Организационная структура включает руководителя, его заместителя УМР, научный и инженерно-технический персонал, специалистов по подготовке кадров, вспомогательный персонал.

Руководитель Центра — директор Сагитова Лилия Равильевна.

Руководитель Центра несет всю полноту ответственности за организацию обучения Правлением Центра, комплектует и утверждает штатное расписание, утверждает итоговые документы по обучению.
Должностные инструкции руководителей и специалистов Центра утверждены его директором, доведены до каждого работника.